《十三五生态环境保护规划》主要内容包括全国生态环境保护形势；指导思想、基本原则与主要目标；强化源头防控，夯实绿色发展基础；深化质量管理，大力实施三大行动计划；实施专项治理，全面推进达标排放与污染减排；实行全程管控，有效防范和降低环境风险；加大保护力度，强化生态修复；加快制度创新，积极推进治理体系和治理能力现代化；实施一批国家生态环境保护重大工程；健全规划实施保障措施。
第一章 全国生态环境保护形势
第一节 生态环境保护取得积极进展
第二节 生态环境是全面建成小康社会的突出短板
第三节 生态环境保护面临机遇与挑战
第二章 指导思想、基本原则与主要目标
第一节 指导思想
第二节 基本原则
第三节 主要目标
第三章 强化源头防控，夯实绿色发展基础
第一节 强化生态空间管控
第二节 推进供给侧结构性改革
第三节 强化绿色科技创新引领
第四节 推动区域绿色协调发展
第四章 深化质量管理，大力实施三大行动计划
第一节 分区施策改善大气环境质量
第二节 精准发力提升水环境质量
第三节 分类防治土壤环境污染
第五章 实施专项治理，全面推进达标排放与污染减排
第一节 实施工业污染源全面达标排放计划
第二节 深入推进重点污染物减排
第三节 加强基础设施建设
第四节 加快农业农村环境综合治理
第六章 实行全程管控，有效防范和降低环境风险
第一节 完善风险防控和应急响应体系
第二节 加大重金属污染防治力度
第三节 提高危险废物处置水平
第四节 夯实化学品风险防控基础
第五节 加强核与辐射安全管理
第七章 加大保护力度，强化生态修复
第一节 维护国家生态安全
第二节 管护重点生态区域
第三节 保护重要生态系统
第四节 提升生态系统功能
第五节 修复生态退化地区
第六节 扩大生态产品供给
第七节 保护生物多样性
第八章 加快制度创新，积极推进治理体系和治理能力现代化
第一节 健全法治体系
第二节 完善市场机制
第三节 落实地方责任
第四节 加强企业监管
第五节 实施全民行动
……
第九章 实施一批国家生态环境保护重大工程
第十章 健全规划实施保障措施
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