《本草详节》共12卷，分草、木、谷、菜、果、金、石、水、火、土、兽、禽、鳞、介、虫、人、服用17部，载药896种，其中正697种，附药199种。每药首录性味阴阳、有毒无毒、产地、生药形态、归经、相使、相恶、禁忌、炮制等内窀，次述功效、主治；末为按语，阐述治病机理、配伍应用及用药宜忌等。本次整理以清康熙二十年（1681）默堂主人刻本为底本。
卷之一
草部
人参
黄芪
白术
苍术
当归
甘草
生地黄
熟地黄
天门冬
麦门冬
牡丹皮
何首乌
远志
川芎附：马衔、京芎、台芎、抚芎
芍药附：赤芍药、白芍药
五味子
石菖蒲
续断
蒺藜附：白蒺藜、刺蒺藜
石斛
牛膝
香附子
附子附：乌头、乌头附子尖
天雄
肉苁蓉
巴戟天
胡芦巴
琐阳
覆盆子
仙茅
淫羊藿
菟丝子
蛇床子
狗脊
益母子
黄精
卷之二
草部
缩砂仁
肉豆蔻
白豆蔻
草豆蔻
益智仁
荜茇
高良姜
骨碎补
补骨脂
萎蕤
紫菀
款冬花
夏枯草
玄胡索
木香
蕈薜
土茯苓
甘菊花附：苦薏
艾叶
牛蒡子附：根、叶
金银花附：茎、叶
钓藤
苍耳子
藿香
泽兰
兰草
旋覆花
灯心草
紫草
白及
马鞭草
龙胆草
谷精草
青箱子
决明子
木贼草
防风
独滑
羌活
麻黄附：根、节
藁本
细辛
白芷
柴胡
升麻
卷之三
草部
葛根
秦艽
荆芥
紫苏附：子、梗
婆荷
香薷
半夏
天南星
天麻附：赤箭
白附子
贝母
桔梗
前胡
栝楼实
天花粉
黄连
胡黄连
黄芩
连翘
知母
蓝实
青黛
丹参
玄参
苦参
紫参
山豆根
地榆
稀莶草
红蓝花
茜草根
威灵仙
茵陈蒿
青蒿附：白蒿
蒲黄
蓼实附：苗、叶
王瓜
大黄
牵牛子
泽泻
车前子
木通附：子、根、通脱木
萱草
篇蓄
瞿麦穗
海金沙
沙参
卷之四
草部
防己附：汉防己、木防己
商陆根
葶苈
大戟附：苗
芜花
续随子
山慈菰
甘遂
常山附：苗
海藻
海带
昆布
荆三棱
蓬莪茂
郁金
姜黄
射干
蚤休
白藓皮
白前
白微
白敛
三白草
马兜铃
漏芦
大小蓟草
刘寄奴
蒲公英
白头翁
王不留行
木鳖子
草麻子
草乌头附：乌喙、射罔
苍蔺子
黄药子
白药子
贯众根
紫背天葵
凌霄花
百部
石龙芮
半边莲
玉簪根
凤仙子附：花、根、叶
鸡冠花
甘焦根
地肤子
藜芦
旱莲草
清风藤
络石
虎耳草
马勃
羊踯躅花
酸浆
石韦
芦根附：笋
菰根
茅根
苎根
蜀葵附：冬葵、黄蜀葵、菟葵、龙葵
干苔附：屋游、垣衣、土马骔、陟厘、井底苔、船底苔、瓦松
使君子
孩儿茶
甘松香
山柰
景天
鹅不食草
卷柏
狼毒
……
卷之五
卷之六
卷之七
卷之八
卷之九
卷之十
卷之十一
卷之十二
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