本书内容包含：棉花基因组调研与组装、棉花二倍体基因组研究、异源四倍体棉花基因组研究、棉花种质资源与变异组学研究、植物三维基因组学研究和棉花的表观遗传学研究。第一章介绍了基因组调研、测序技术、序列组装和基因注释相关的基础理论知识；第二章和第三章分别介绍了棉花二倍体和异源四倍体基因组研究的具体案例与科学发现；第四章主要概述了中国棉花种质资源的创新与利用现状，介绍了亚洲棉、陆地棉和海岛棉的变异组学研究进展，总结了重要农艺性状形成的关键位点和基因；第五章介绍了植物三维基因组学发展历程、主要技术、数据分析流程和**研究进展；最后一章介绍表观遗传基因组研究现状，总结了DNA甲基化、蛋白质翻译后修饰和非编码RNA研究成果以及棉花表观遗传研究进展。
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目录
前言
第一章 棉花基因组调研与组装 1
第一节 基因组调研 1
第二节 基因组测序与组装 7
第三节 基因组可视化与注释 22
第四节 棉花基因组组装案例 29
参考文献 31
第二章 棉花二倍体基因组研究 34
第一节 棉花二倍体基因组概述 34
第二节 棉花二倍体基因组大事记 35
第三节 雷蒙德氏棉基因组研究进展 41
第四节 亚洲棉基因组研究进展 46
第五节 澳洲棉基因组研究进展 52
第六节 瑟伯氏棉和戴维逊氏棉基因组研究进展 56
第七节 特纳氏棉基因组研究进展 66
第八节 草棉基因组研究进展 67
第九节 长萼棉基因组研究进展 69
第十节 异常棉基因组研究进展 70
第十一节 司笃克氏棉基因组研究进展73
第十二节 比克氏棉基因组研究进展74
第十三节 圆叶棉、亚洲棉、雷蒙德氏棉基因组研究进展82
参考文献 90
第三章 异源四倍体棉花基因组研究 92
第一节 异源四倍体棉花基因组研究现状 92
第二节 陆地棉基因组测序研究进展 99
第三节 海岛棉基因组研究进展 134
第四节 其他四倍体棉花基因组研究进展 138
参考文献 146
第四章 棉花种质资源与变异组学研究 149
第一节 中国棉花种质资源概况 149
第二节 全转录组关联分析 157
第三节 亚洲棉变异组及重要性状遗传基础解析 160
第四节 陆地棉变异组及重要性状遗传基础解析 168
第五节 海岛棉变异组研究 195
参考文献 204
第五章 植物三维基因组学研究 207
第一节 三维基因组学概述 207
第二节 三维基因组学研究技术 209
第三节 植物三维基因组层级结构 219
第四节 三维基因组数据分析 228
第五节 三维基因组可视化 236
第六节 植物三维基因组研究进展 238
第七节 展望 240
参考文献 240
第六章 棉花的表观遗传学研究 251
第一节 表观遗传学的发展、定义和分类 251
第二节 表观遗传学的研究现状 252
第三节 棉花基因组 DNA甲基化研究进展 256
第四节 棉花蛋白质翻译后修饰研究进展 266
第五节 棉花非编码 RNA研究进展 276
第六节 棉花表观修饰和多倍体基因组进化 282
第七节 表观修饰之间的互作及其意义 290
第八节 棉花表观遗传研究展望 293
参考文献 296
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