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生物学家必备大数据实用计算技巧 
定 价：198 元 丛书名：生物信息学数据分析丛书
9 7 6 8 4 7 4 0 9 3 0 0 9 读者对象:该书适合生物信息学、基因组学、分子医学、进化生物学等学科的教师、研究生、本科生作为入门教材阅读，也可供相关学科的科研人员和教师参考。 
面对生物数据的急速增长，对大数据的分析处理能力是生物学家普遍缺乏又急需掌握的能力。《生物学家必备大数据实用计算技巧》是在作者开发计算工具和帮助许多生物学家解决计算问题时总结经验的基础上诞生的，是针对生物学家撰写的简明实用教程，它将一系列强大而灵活的实用工具汇集到一起，容易学习入门。《生物学家必备大数据实用计算技巧》内容以分子生物信息学数据为主，但也适用于多种其他生物数据的分析工作。《生物学家必备大数据实用计算技巧》原版问世至今，一直是欧美高校生物专业和相关研究机构必备的热销图书。
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目录
在开始之前 1 引言 1 为什么要写这本书？ 1 为什么只针对生物学家？ 2 需要使用特定计算机或程序吗？ 2 写给使用这本书自学的读者 3 写给使用这本书的教师 3 超越这本书 4 如何使用好这本书 4 第一部分 文 本 文 件 第1章 开始设置 9 关于文本文件的操作介绍 9 什么是文本文件 9 在一个文本文件内组织数据 10 文本编辑器 11 安装TextWrangler 11 在文本编辑器里优化文本外观 12 行尾结束符 13 示例文件 13 安装示例文件 14 探索示例文件 14 总结 15 第2章 正则表达式：强大的搜索和替换 16 一种用于搜索和替换的广泛语言 16 了解这个新工具箱的组件 17 设置文本编辑器 17 你的第一个通配符：\w 代替字母和数字 19 用()来捕获文本 20 量词：用+来对应一个或多个实体 21 用\进行标点符号字符转义 23 更为特殊的搜索项：\s\t\r\d 24 示例：分子数据文件的重新格式化 25 关于生成正则表达式的评论 26 总结 27 第3章 探索正则表达式的灵活性 28 字符集：定义你自己的通配符 28 用[]定义定制的字符集 28 应用自定义字符集 28 否定字符集：用[^]定义自定义字符集 30 边界：^开头和$结尾 31 使量词更加精密 32 另一个量词：*为零次或多次 32 用?修改贪婪程度 33 用{}符号控制匹配的数量 33 把所有都放在一起 34 生成替换关键词 35 构建可靠的搜索 36 总结 37 进一步学习 38 第二部分Shell命令 第4章 命令行操作：shell 41 初次接触：不要惧怕命令行 41 开始了解shell然后产生兴趣 42 开始了解shell 42 文件系统的命令行视图 43 路径 44 利用shell在计算机里遨游 45 用ls列出文件，用pwd 找出你在哪里 45 如何用cd来回移动位置 47 用～表示主目录 48 用mkdir和rmdir来添加和移除文件夹 49 复制文件 49 移动文件 51 命令行快捷键 51 向上箭头键 51 Tab 52 用命令行参数来修正命令的行为 53 用less命令浏览文件内容 54 在命令行中使用man命令查看帮助文件 55 命令行最终会使你的操作更容易 55 路径描述中的通配符 55 复制和移动多个文件 56 结束你的终端会话 57 总结 57 推荐阅读 58 第5章 在shell中处理文本 59 用nano在命令行里编辑文本文件 59 控制shell里的数据流 61 用>重定向输出到一个文件 61 用cat来显示和连接文件 62 用grep在命令行中使用正则表达式 64 处理一个大数据集 64 从文件中抽提特定的行 64 用管道|将输出从一个程序重定向到另一个程序 66 用grep跨越搜索多个文件 67 改善grep的行为 68 用curl 获取Web 上的内容 69 其他shell命令 71 总结 72 第6章 使用shell 编写脚本 73 组合命令 73 搜索路径 73 命令行如何找到它应执行的命令 73 创建你的工作区—脚本文件夹 75 编辑你的bash_profile文件来进行个性化设置 76 检查你的新$PATH 77 把文本文档型文件转变为软件 78 #!控制脚本文本用何种程序解释 79 通过调整权限使文本文件可以被执行 79 生成自动脚本 81 批量复制文件 81 灵活的文件重命名 84 运用curl自动检索参考文献 86 用curl编写脚本的几个常用方法 88 用Alias创建快捷别名 88 总结 89 进一步学习 89 第三部分 编 程 第7章 编程组件 93 程序是什么？ 93 接下来几章的目标 93 实际编程 94 变量 95 变量的剖析 95 基本变量类型 96 能够容纳其他变量的变量 97 数组和列表 97 不同类型之间的转换 99 运行中的变量 99 数学运算符 99 比较运算符与逻辑运算符 100 函数 101 流控制 102 用if语句做决策 102 由for与while构成的循环 103 使用列表和字典 104 列表 104 字典 105 其他数据类型 105 输入和输出 106 用户交互 106 文件 106 库和模块 107 注释语句 108 对象 108 总结 109 第8章 开始使用Python编程 110 为什么选择Python110 编写程序 111 开始运行程序 111 构建dnacalcpy 程序 112 简单的print 语句 112 len()函数 114 使用str()、int()和float()转换变量类型 115 内置字符串函数count() 116 整数和浮点数的数学运算 116 使用#添加评论 118 使用%运算符控制字符串格式 118 获取用户输入 120 使用raw_input()收集用户输入 120 用replace()和upper()整理变量 121 回顾你的程序 123 总结 123 第9章 决策与循环 124 Python交互式提示符 124 获取Python的帮助 126 向dnacalcpy里添加更多的计算内容 127 if条件语句 127 使用缩进指定代码块 128 逻辑运算符 128 if语句 129 else:语句 130 for循环介绍 132 列表简介 132 在proteincalcpy中写入for 循环 133 创建字典 133 其他字典函数 139 应用你学会的循环技能 140 回顾列表 140 列表的索引 141 从列表中解包多个值 143 用range()函数定义一个列表 143 列表和字符串的比较 145 列表和字符串之间转换 146 向列表中添加元素 147 从列表中删除元素 148 查找列表的内容 148 给列表排序 148 识别列表及字符串中独有的元素 149 列表推导式 150 总结 152 进一步学习 153 第10章 读取与写入文件 154 目标概述 154 从文件中逐条读取每一行内容 156 读取数据文件之前的注意事项 156 打开并读取文本文件 157 用strip()删除行尾字符 159 跳过标题行 159 从行中解析数据 160 将行拆分为数据字段 160 从列表中选择元素 161 写入文件 162 扼要重述文件的基本读写过程 164 使用正则表达式解析值 165 导入re模块 165 通过re模块使用正则表达式 165 research()与resub()的使用总结 167 使用def创建自定义Python函数 168 用新格式打包数据 173 检查标记语言 173 在转换期间保留信息 174 转换为KML格式 174 KML文件格式 174 生成KML文本 175 总结 179 进一步学习 179 第11章 合并文件 180 从多个文件中读取数据 180 使用sysargv 获取用户的输入内容 181 将所有参数转换为文件列表 183 使用sysstderrwrite()提供反馈 184 循环遍历文件列表 185 打印输出并生成标题行 187 避免硬编码软件 187 文件读取的其他应用 190 总结 192 进一步学习 192 第12章 模块与库 194 导入模块 194 更多来自标准库的内置模块 196 urllib模块 196 os模块 197 math模块 197 random模块 198 time模块 199 第三方模块 200 NumPy 201 BioPython202 其他第三方模块 203 制作自己的模块 204 继续深入学习Python 205 总结 206 进一步学习 206 第13章 调试策略 207 在调试中学习 207 通用策略 208 建立工作元素 208 思考你的假设 208 具体的调试技术 209 隔离问题 209 编写冗长的软件 210 错误信息及其含义 211 常见的Python错误 211 shell错误 212 让你的程序更有效率 212 优化 212 使用try和except来处理错误 213 当你实在被困住时 214 总结 215 进一步学习 215 第四部分 多种方法合并 第14章 选择和组合工具 219 你的工具箱 219 数据处理任务的类别 219 获取数字数据 219 重新格式化文本文件 222 综合考虑 226 总结 226 进一步学习 226 第15章 关系型数据库 227 电子表格和数据组织 227 数据管理系统 229 剖析一个数据库 230 安装MySQL 231 开始使用MySQL和SQL 233 连接到命令行中的MySQL服务器 233 创建数据库和表 235 向表中添加数据行和显示表的内容 239 在Python中与MySQL进行交互 240 解析输入的文本 241 从数据中构造SQL 243 从Python中执行SQL命令 244 将文本文件导入到表格中 249 创建ctd表 250 用LOAD DATA命令导入数据文件 251 以SQL文件的形式导出和导入数据库 253 用SQL探索数据 253 用SELECT和COUNT命令汇总表 253 用GROUP BY校对数据 255 SQL中的数学运算 256 用WHERE对行进行精确选择 256 用UPDATE修改行 259 跨表选择数据 260 使用Python生成输出 262 继续向前看 264 数据库用户和安全性 264 创建一个root密码 265 添加一个新的MySQL用户 265 总结 266 进一步学习 267 推荐阅读 267 第16章 高级的shell和管道命令 268 其他有用的shell 命令 268 用head和tail提取行 268 用cut提取列 268 用sort对行排序 270 用uniq分离出独有的行 271 高级shell函数的整合 272 用agrep进行近似搜索 275 额外的grep技巧 276 还记得别名吗? 277 函数 278 用户输入的函数 281 一个字典函数 281 转换字符 281 循环遍历传递给函数的所有参数 282 删除文件扩展名 283 寻找文件 284 回顾管道命令 284 用循环重复操作 285 封装器 286 对管道的一些想法 287 总结 287 推荐阅读 288 第五部分 绘图 第17章 图像的概念 291 引言 291 常用的图像类型 291 矢量图与像素图 291 决定何时用矢量图？何时用像素图？或是二者都用？ 292 图片分辨率与尺寸大小 294 图像大小调整和对DPI 的错误看法 295 图片的颜色 297 颜色模型和色空间 297 颜色模型的转换 298 色域与颜色配置文件 300 颜色选择 300 决策过程总结 301 图层 303 展示数据时通常需要考虑的因素 303 消除图像的混乱 303 对于重叠数据的透明化处理 304 合理利用空间 304 一致性 306 保持数据的完整性 306 为什么你应该避免使用PowerPoint幻灯片 307 总结 307 进一步学习 308 推荐阅读 308 第18章 矢量图的编辑和使用 310 矢量图简介及原理 310 文件格式 310 生成矢量图 310 从另一个程序输出图像 311 绘制一幅新的图像 311 从一张照片中提取图像 312 解析矢量图 313 贝塞尔曲线 313 线型与填充 313 矢量图编辑器的使用 314 选定并操作整个对象 314 选定并操作对象的一部分 315 利用钢笔工具生成贝塞尔曲线 316 对贝塞尔曲线进行修饰 316 联结功能 317 线条与填充 317 图层 318 Illustrator使用小贴士 319 Inkscape使用小贴士 321 一个典型的工作流程 321 生成规则排列的对象 323 生成矢量图的最佳实践 324 总结 325 进一步学习 325 第19章 使用像素图 326 图像压缩 326 通用原则 326 图像工作流的含义 326 像素图文件格式 327 透明度 328 像素图编辑器 329 处理像素图 329 遮罩和无损编辑 329 亮度水平的调整 329 灰度图像 330 抗锯齿 331 图层 331 GIMP的色彩 332 Photoshop快捷键 332 图像处理的命令行工具 333 sips程序 333 ImageMagick：convert和mogrify命令 333 ExifTool 334 图像创建和分析工具 334 ImageJ 334 MATLAB 336 R 336 动画制作 336 摄影 337 光圈和曝光时间 337 色彩平衡 339 自动vs手动操作 340 总结 340 进一步学习 340 第六部分 高级话题 第20章 在远程计算机上操作任务 343 连接到远程计算机 343 客户端和服务器 343 典型的远程访问情景 344 查找计算机：IP地址、主机名和DNS 344 安全性 346 使用ssh的安全命令行连接 346 ssh命令 347 ssh命令使用时的故障排除 347 在远程机器上操作 348 计算机之间的文件传输 349 文件归档和压缩 349 用sftp传送文件 350 用scp复制文件 350 SFTP中其他的文件传输程序 351 其他的文件传输协议 351 通过VNC对远程计算机进行完全GUI控制 351 排除远程连接障碍 352 使用虚拟专用网络(VPN)连接到本地 352 用traceroute命令追踪网络连接 353 配置backspace键 353 控制程序如何运行 354 结束进程 354 用&在后台开始任务 355 用ps和top命令来查看任务状态 355 暂停任务并把它移至后台 357 用kill命令来结束进程 358 用nohup命令使任务继续进行 359 用renice命令更改程序的优先级 360 高效计算 361 并行程序 361 大型计算机集群上的任务管理工具 361 搭建自己的服务器 362 配置ssh服务器 363 查找地址 363 用ssh 连接到你自己的计算机 364 总结 365 第21章 软件安装 366 概述 366 解释程序与编译程序 367 安装软件的方法 368 Readmetxt和Installtxt 368 通过预编译的二进制文件安装程序 368 自动安装工具 369 从源代码安装命令行程序 370 准备好你的计算机 370 解压源代码 370 编译与安装二进制文件 371 变化情况1：现成的Makefile 372 变化情况2：用/configure生成Makefile文件 372 安装Python组件 373 故障排除 374 软件无法编译或安装无法完成怎么办？ 374 总结 376 进一步学习 376 第22章 电子学：与物理世界的互动 377 生物学中定制的电子产品 377 生物学中定制电子产品的典型情景 377 具有复杂微控制器的简单电路 378 电子基础 380 电流 380 基本元件 380 用电信号编码信息 381 模拟编码 381 数字编码信号 382 搭建电路 383 电路原理图 383 实验面包板 384 从电路原理图翻译成面包板电路 385 串行通信的实践应用 385 波特率和其他设置 386 零调制解调器 386 串行通信的软件 387 通过Python进行串行通信 388 Arduino微控制器板的实践应用 389 从哪里开始 389 用Arduino搭建电路 389 编程Arduino 390 其他数据采集的方法 393 常见的共同疑惑问题 394 测量电压 394 电流和电子流 394 上拉和下拉电阻 395 总结 395 进一步学习 396 推荐读物 396 附录 附录1 用其他操作系统工作 399 Microsoft Windows 399 我应该用Windows还是另外安装Linux？ 399 在第1～3章中用于编辑文本和正则表达式的文本编辑器 399 在第4～6章中使用Cygwin模拟Unix shell操作 401 第8～12章中在Windows里使用Python402 第15章中在Windows里使用MySQL 404 第17～19章中在Windows里处理矢量图和像素图 404 Linux 405 安装Linux 405 在第1～3章中用jEdit进行文本编辑和使用正则表达式 409 在第4～6章中使用Linux shell进行shell操作 410 第8～12章中在Linux上使用Python 411 第15章使用MySQL 411 第17～19章在Linux中处理矢量图和像素图 411 附录2 正则表达式检索项 412 附录3 shell命令 414 附录4 Python快速参考 419 此附录的规定 419 Python中的格式、语法和标点符号 419 命令行解释器 419 命令总结 420 变量类型和统计 420 字符串 420 收集用户输入 421 建立字符串 421 比较和逻辑运算符 421 数学运算符 422 决策 422 循环 423 用正则表达式检索 423 用regexp在字符中寻找匹配子集 423 用regexp在字符串中做替换 424 使用列表 424 列表的理解 425 词典 426 创建函数 426 处理文件 427 使用模块和函数 428 容易混淆的Python操作 429 显示警告和反馈 429 捕捉错误 429 Python里的shell操作 429 参考及寻求帮助的渠道 429 附录5 程序模板 430 Python27或更早的版本 430 Python3 431 Perl 431 bash shell 431 C 432 C++ 433 Java 433 JavaScript 434 PHP 435 Ruby 435 MATLAB 436 R 436 Arduino 437 附录6 二进制、十六进制和ACSII码 438 交替的基本系统 438 十六进制 439 ASCII 码和Unicode字符 440 图像和色彩 441 十进制、十六进制、二进制和ASCII 码 442 附录7 SQL命令 446
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