《国家抗微生物治疗指南》共分四章，第1章为各种感染性疾病经验治疗（包括预防用药），第2章为各种微生物感染目标治疗（包括传染病和各种特殊病原体感染治疗），第3章为儿童感染性疾病治疗相关内容，第4章为抗微生物药物药理学内容。第1章再按照各系统分别列表，便于临床快速查阅。为了减少各章间的重复，涉及多章节内容时主要编写进入相关性最密切的章。
《国家抗微生物治疗指南》编写符合我国临床实际，各章内容尽量参考我国研究成果，特别注重细菌耐药监测结果与临床用药实践相结合，兼顾不同医疗机构用药习惯、药物遴选品种、细菌耐药与感染构成等方面差异，在第1章中提供多种治疗选择，也作了首选与备选药物的推荐；药物主要介绍我国常用药物和国家各种目录药物，确保临床用药符合管理规定；专门邀请儿科专家编写“儿童感染性疾病抗菌药物治疗”和“中国儿童免疫接种”等内容，希望本指南既能满足成人患者治疗需求，也能为儿童感染的防治提供帮助。
第1章 感染性疾病经验治疗
1-1 眼、耳鼻喉、口腔感染抗菌药物经验治疗
1-2 中枢神经系统感染抗菌药物经验治疗
1-3 呼吸系统感染抗菌药物经验治疗
1-4 心脏与血流感染抗菌药物经验治疗
1-5 腹腔与消化道感染抗菌药物经验治疗
1-6 妇产科感染抗菌药物经验治疗
1-7 泌尿系统与男性生殖系统感染抗菌药物经验治疗
1-8 骨关节感染抗菌药物经验治疗
1-9 皮肤软组织感染抗菌药物经验治疗
1-10 免疫缺陷者感染抗菌药物经验治疗
1-11 外科围手术期抗菌药物预防用药
1-12 抗感染药在预防非手术相关感染时的应用
第2章 感染性疾病的病原治疗
第1章 感染性疾病经验治疗
1-1 眼、耳鼻喉、口腔感染抗菌药物经验治疗
1-2 中枢神经系统感染抗菌药物经验治疗
1-3 呼吸系统感染抗菌药物经验治疗
1-4 心脏与血流感染抗菌药物经验治疗
1-5 腹腔与消化道感染抗菌药物经验治疗
1-6 妇产科感染抗菌药物经验治疗
1-7 泌尿系统与男性生殖系统感染抗菌药物经验治疗
1-8 骨关节感染抗菌药物经验治疗
1-9 皮肤软组织感染抗菌药物经验治疗
1-10 免疫缺陷者感染抗菌药物经验治疗
1-11 外科围手术期抗菌药物预防用药
1-12 抗感染药在预防非手术相关感染时的应用
第2章 感染性疾病的病原治疗
2-1 细菌感染目标治疗
2-2 真菌感染目标治疗
2-3 分枝杆菌感染目标治疗
2-4 病毒感染目标治疗
2-5 寄生虫感染治疗
2-6 其他病原体感染目标治疗
2-7 传染病与系统性感染抗菌药物治疗
2-8 性传播疾病抗菌药物治疗
第3章 儿童感染性疾病的预防和治疗
3-1 儿童抗菌药物临床应用注意事项
3-2 儿科常见感染的抗微生物治疗
3-3 儿科常用抗菌药物、抗病毒药物的剂量和用法
3-4 儿童免疫接种程序表
第4章 抗感染药物的药学特征
4-1 抗感染药物药动学特点和常用剂量
4-2 常用抗菌药物的抗菌谱比较
4-3 肾功能不良患者抗菌药物的剂量调整
4-4 肝功能损害患者抗菌药物的应用
4-5 抗感染药物妊娠期安全分类
4-6 抗感染药物与其他药物的相互作用
4-7 抗感染药物主要不良反应
附件 指南中出现的英语缩写注解
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